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A ESCMC foi estabelecida em 2006 como uma subdivisão da Universidade Eduardo Mondlane, com a missão de criar capacidade científica e técnica necessária para uma utilização sustentável e desenvolvimento do mar e das zonas costeiras. A ESCMCQ encoraja o desenvolvimento comunitário através do estabelecimento de parcerias com outras instituições e promove a partilha de conhecimento com a comunidade. Enquanto o foco principal de pesquisa da instituição é a produção de alimento e energia, grupos de pesquisa específicos dão mais atenção a diferentes assuntos de interesse nacional e global.

A Escola está localizada estrategicamente para beneficiar-se da unicidade na localização do Banco de Sofala, seus ambientes físicos e biológicos, e a rica paisagem cultural nas bordas do banco. Com a sua sede na Cidade de Quelimane, a área de jurisdição da Escola cobre a terra, o mar, e o ar ao longo dos quase 2700 km de linha de costa de Moçambique, e a totalidade da ZEE do país.

A Escola oferece actualmente dois programas educacionais que inclui um programa de formação superior ao nível de licenciatura com quatro cursos e um programa de mestrados com três cursos, todos em áreas relacionados ao mar. A Escola funciona com um corpo docente de cerca de 22 membros a tempo inteiro (incluindo um professor catedrático) que se dedicam a leccionação, pesquisa e extensão, 9 dos quais são oceanógrafos físicos especializados em áreas que vão desde processos físicos na plataforma continental (i.e., marés, correntes costeiras, intrusão salina, transporte de sedimentos, interacção oceano-atmosfera, e dinâmica de ondas de gravidade), até a oceanografia física aplicada, tida como uma ferramenta vital para suportar as comunidades locais em actividades tais como irrigação, aquacultura de pequena-escala, e pesca.

A Escola possui facilidades de investigação julgadas modestas que incluem um barco de fibra com 7 metros e motor fora-de-bordo para excursões no estuário, tanques de aquacultura (escavados, hapas plásticas, e em betão), laboratórios de química, solos e biologia, e um laboratório de informática com as ferramentas adequadas que permitem a realização de simulações numéricas de ambientes e processos locais e regionais. Estas facilidades criam uma grande oportunidade de pesquisa para os estudantes de graduação e pós-graduação locais, mas também já atraíram vários estudantes de mestrado vindos de países de língua portuguesa e do Reino de Países Baixos.

O grupo de pesquisa em oceanografia física aplicada (GPOFA) tem conduzido investigações a volta de energias renováveis em pequena escala, e aspectos hidrodinâmicos de ecossistemas costeiros e estuarinos usando modelos tais como CROCO (melhoramento do ROMS), DELFT3D, MOHID, e AEM3D (melhoramento do ELCOM-CAEDYM), e dados colhidos in situ e por sensores abordo de satélites estrangeiros.

O grupo de pesquisa em biologia marinha e gestão de pescarias (GPBMGP) tem conduzido investigação aplicada em avaliação de mananciais pesqueiros, incluindo invertebrados e vertebrados e ainda dispersão de larvas de peixes e crustáceos importantes para a pesca. A nível da biologia e ecologia marinha, o grupo desenvolve estudos de biologia de espécies de flora (alto enfoque em mangais) e fauna da zona costeira e de alto mar, e ainda estudos da relação da distribuição de espécies estuarinas e marinhas com a mudança de habitats. O grupo ainda efectua trabalhos de extensão em reflorestamento de mangal e educação comunitária com enfâse para conservação de recursos naturais marinhos.

O grupo de pesquisa em Geologia Marinha (GPGeoMar) tem desenvolvido pesquisas a volta da Evolução tectono-sedimentar de Margens Passivas com recurso a dados sísmicos e dados gravimétricos derivados de satélite, Geologia Costeira com ênfase à dinâmica da linha de costa e geomorfologia costeira com base em dados in situ e de satélites, investigação de depósitos minerais em zonas costeiras, Geologia sedimentar, Geotecnia, Geoquímica e Paleoprodutividade em estuários.

O grupo de pesquisa em biogeoquímica marinha (GPBGQ) tem conduzido pesquisas associadas a variabilidade de nutrientes em resposta aos processos físicos como a acção dos ventos e fluxo de calor, com enfâse no canal de Moçambique. Para o efeito recorre-se ao modelo hidrodinâmico acoplado ao modelo biogeoquímico. Dados biogeoquímicos são também usados para analisar a produtividade de primária no Canal de Moçambique e sua relação com pescarias. 

O grupo de pesquisa em aquacultura sustentável (GPAquaS) tem conduzido pesquisas em técnicas de produção de ração para peixes e camarões, produção de alevinos para engorda, Técnicas de conservação de produtos de Aquacultura, e cultivo de peixes e camarões de água doce e marinhos

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